Activity Atlas

Activity Atlas

Activity Atlas概述

Activity Atlas是Forge的一个模块,Activity Atlas是一种将一系列化合物的SAR总结为可视的3D模型的方法,该模型可用于指导新分子的设计。Activity Atlas对于那些没有足够数据建立传统3D-QSAR的项目团队特别有用。

Activity Atlas计算及其3D可视化包含

  • Activity Cliff Summary: 用活性悬崖理解构效关系
  • Average of actives: 了解活性分子的公共特点是什么样子
  • Regions explored: 了解现有化合物已经探索过的空间,新设计的分子所处的位置,评估新分子的创新性。

Activity Atlas理解构效关系

活性悬崖总结(Activity Cliff Summary)

活性悬崖总结图是从Activity Miner模块派生而来,将整个系列化合物的活性悬崖数据汇总为关键点的构效关系(SAR)图。通过这种方式,您可以围绕一个化合物建立活性场景的解释。

图1显示了J. Bajorath(J. Chem. Inf. Model. 2011,51:258-266)发表的一组化合物的腺苷A1、腺苷A2a和腺苷A3受体活性数据的活性悬崖总结。三个腺苷受体处的SAR关键区域很容易地进行可视化并用于新分子的设计,例如保留对A1受体的活性,同时建立对A2和A3的选择性。

腺苷受体选择性

图1:腺苷A1受体的活性悬崖总结(左); 腺苷A2a受体的活性悬崖总结(中);腺苷A3受体的活性悬崖总结(右).红色:正静电势有利活性;蓝色:负静电势有利活性;绿色:增加体积有利活性;洋红:减少体积有利活性。

平均活性分析(Average of actives analysis)

平均活性分析对静电、疏水性和形状进行分析,给出了活性分子平均之后的样子。这给出了新的活性分子应该长成什么样子的总体概念。

区域探索分析(Regions explored analysis)

这个模块与平均活性分析类似,但是与生物活性完全无关。它主要是评估叠合在一起的分子都探索了哪些空间区域:它告诉你当前项目已经探索过的地方。将新分子与区域探索分析结果叠合在一起,可以告诉你这个新分子把你带到了一个新区域,还是只是把你带到以前去过的地方。

算例

获取Activity Atlas

Activity Atlas是Forge的一个模块,从Forge里可以获取到。

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