Category Archives: 墨灵格新闻

Flare V8 MMGBSA

Flare V8发布

本文介绍了Cresset的CADD工作台Flare V8新增与增强的科学功能和方法,包括MM/GBSA方法用于计算配体-蛋白质复合物结合自由能,Flare FEP支持电荷变化,GIST水分析支持GCNCMC采样,HOMO/LUMO轨道的计算和显示,组合库枚举新增100多种反应,蛋白选项新增侧链构象生成功能等等。

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水分子的卤键替换策略

水分子的卤键替换

在基于结构的药物设计领域中,蛋白质电负性原子与配体卤素原子之间的卤键相互作用日益受到关注。本文的研究者分析了配体卤原子和蛋白主链羰基之间的特征性卤键相互作用的晶体结构的结合位点水性质,发现:1)参与卤键相互作用的卤原子在配体结合后经常替换计算出的结合位点的水;2)卤键相互作用的优势方向与这些被取代的水的取向很好地吻合;3)被卤素替换后形成与不形成卤键相互作用的水表现出不同的能量特性;4)替换计算的结合位点水有助于形成有利的卤键相互作用。这为如何在理性药物设计中利用卤键与蛋白主链羰基的相互作用提供了实用的方法。

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南方科技大学图书馆

2019年7月30-8月3日深圳《Gaussian入门–理论与实践》培训班通知

2019年Gaussian培训班《Gaussian入门:理论与实践》将于8月5日到9日在深圳市北京大学深圳研究生院举行,欢迎各位老师、同学来参加。与往届一样,本次培训班的讲师还是Gaussian原厂的技术人员与在校的Gaussian专家,相信通过几天的培训与交流会取得满意效果。

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Gaussian 16

G16正式发布与特性速览

本文介绍了Gaussian系列电子结构软件Gaussian 16的特性。G16是Gaussian 16的简称,最新版本为Gaussian 16 A.03。G16的重大更新包括:1) TD频率、TS优化与IRC计算;2)EOMCC优化计算;3)非简谐振动光谱;4)电子振动光谱;5)新的密度泛函与双杂密度泛函;6)引入PM7半经验方法;7) 支持GPU计算; 8) 提供Fortran、C、Perl与Python接口。本文还详细介绍了G16的几个方面特性:应用特性、硬件支持、参数输入、用户界面、预设值、并行与性能。

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