CLC Bio

CLC Drug Discovery Workbench

–专门为化学与生物学科研人员而设计的虚拟实验台

一,CLC Drug Discovery Workbench简介

CLC Drug Discovery Workbench前身为Molegro Virtual Docker,是行业内最精准的分子对接软件。最早的时候,Molegro为预测结合模式而设计。后来,Molegro加入到CLC Bio旗下--一家最先进的生物信息学专业的公司,经过与CLC Bio强强联合,现在不仅适用于结合模式预测,还适用于虚拟筛选,更具有需要新的优秀性能,比如序列比对、同源建模等。

CLC Drug Discovery Workbench是全新的药物发现虚拟实验台。它让您能够在原子水平观测蛋白-配体相互作用,为您产生改进结合亲和力的新主意并快速的测试与可视化。

CLC Drug Discovery WorkBench让化学实验人员、计算化学专家能够轻而易举地分析、可视化蛋白靶点与配体的相互作用。直观、强大的可视化界面让您能够与化学科研人员方便的交流--无论他们是否何等的理论培训。对于药物化学科研人员而言,可以用此观察、分析、建模分子的相互作用,思如泉涌般地进行创新研究。

CLC Drug Discovery Workbench作为CLC Bio企业平台的一部分支持工作流(workflow),客户端-服务器端搭建与命令行工具。此外,与CLC Bio的其它工作台一样,药物发现工作台支持Mac,Windows与Linux计算平台。

二、分子对接基准数据评测:领先于竞争对手

用一个含有85个高分辨率蛋白-配体复合物的基准数据集进行测试,测试的目的是评测对接软件在RMSD<2Å重现复合物结构相互作用模式的能力。结果如下图所示:
CLC Drug Discovery Workbench 评测结果

三、特性与优势

CLC Drug Discovery Workbench是一种与CLC Bio市场领先的数据分析平台、CLC Bio序列分析工具进行整合的产品。

1,分子结构可视化

  • 分子3D结构输入支持:Mol2, SDF, PDB
  • 直接从NCBI上下载PDB结构
  • 快速模式地球-棍模型与分子表面
  • 对选定的原子自定义可视化方式
  • 在数据里保存可视化样式
  • 分子表单中展示化合物2D结构

2, 化学处理

  • 从SMILES代码或2D结构生成3D结构
  • 自动归属缺失的原子与键的类型
  • 自动设定结合位点
  • 化学一致性检查
  • Lipiski五规则检查

3, 基于结构的药物发现

  • 结合口袋识别
  • 友好、易用的图形化蛋白靶点设定
  • 快速追踪分子对接
  • 在结合口袋里优化配体的相互作用
  • 虚拟筛选
  • 修复或替换氨基酸
  • 计算化合物的性质
  • 蛋白结构或结合位点的叠合与比对

4, 序列分析与建模

  • 在UniProt搜索序列
  • 同源建模:
  • BLAST
  • 序列比对与进化树分析
  • Motif与Pfam domain搜索

四、说明书下载

五、互补软件

1,基于结构对药效团建模与虚拟筛选

2,基于配体的分子形状与静电特征相似性

3,药物设计教学软件:帮助你学习药物设计理论与方法

《Molecular Conceptor》是目前最棒、也是唯一的一款电子教学软件,点击了解它:

六、方法学文献

1,Thomsen, R.; Christensen, M. H. MolDock: a New Technique for High-Accuracy Molecular Docking. J. Med. Chem. 2006, 49, 3315–3321.
2,De Azevedo, W. F. MolDock Applied to Structure-Based Virtual Screening. Curr Drug Targets 2010, 11, 327–334.

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