FLARE™
基于配体和基于结构的药物设计平台，使研究化学家能够更有效地发现新的小分子
Flare™ V6.1主要模块
Flare V6.1新功能与特性
1. 新的R基团分析（R-Group Analysys, GRA）
- 快速分析具有公共母核系列化合物的取代模式
- 用RGA箱体图研究在特定连接点上R基团的性质分布
- 创建RGA表单，报告在每个配体中发现的R基团及其从配体表单中选择的性质
- 用RGA热图分析在两个不同R基团位置改变取代基对性质的影响
- 用RGA热图确定在不同系列配体的化学探索中存在的空白区域
2. 新增Hit Expander模块
一键对初始配体结构进行小的修饰以围绕选定的苗头化合物或先导化合物进行快速的化学探索。
3. 增强了小分子自定义扭转参数的自动生成，用于分子动力学模拟和FEP计算
- 新增了GFN2-xTB（扩展紧束缚半经验）方法，适用于中性和带电配体
- 提高了ANI-2x（深度学习QM 近似）方法的准确性，适用于中性配体分子
4. Flare FEP计算的新功能和增强功能
- 新增’Very Quick’计算方法，用于快速对数据进行分类，包括诸如Hit Expander生成的那些小的结构修饰场景
- 新增Link Plot用于检查FEP结果和对单个link计算进行故障排除
- 新增选项，使用预先计算的溶剂化盒进行显式溶剂或膜/溶剂溶剂化模型进行计算实验
5. 增强了分子动力学模拟（Dynamics）
- 新增聚类工具用于分析动力学轨迹结果并选择具有代表性的中心帧(centroid frames)
- 新增选项用于导出分子动力学模拟轨迹视频
- 新增选项，使用预先计算的溶剂化盒进行显式溶剂或膜/溶剂溶剂化模型进行计算实验
- 支持非标准残基
6. 增强了QSAR模型搭建
- 新增多层感知机(MLP) 方法用于构建回归和分类模型
- 增强了GUI，可选择使用Cresset 3D描述符或自定义描述符用于构建回归和分类模型
7. 增强了配体分子的量子化学(Quantum Mechanics，QM)计算
- 计算并呈现QM电子密度图
- 增强了静电势图可视化
- 现在可以使用Cresset Engine Broker从macOS启动QM计算以在Linux资源上远程运行
8. 增强了Conformation Explorer检查QM计算的结果
- 报告每个构象的绝对QM能量、HOMO、LUMO和偶极矩
- QM列可以用来绘制直方图
9. 新增了分子对接与打分的一些特性
- 自动枚举未定义的立体化学中心
- 设置用于存储和共享自定义弹头定的位置
10. 增强了3D图形化技术
- 增强了接触和测量的显示，现在自定义粗细
- 可以调节3D窗口中表面的光泽度
11. 其它更新
- 新增录制Flare GUI或Flare 3D视窗电影等功能
- 新增Superpose函数，可根据两个配体的最大公共子结构或3-5个选中的原子来叠合两个配体
- 新增箱体图函数，可以绘制所选性质的箱体图
- 增强了绘图与直方图的功能
- 增强了大多数计算面板的“开始”按钮的功能，现在可以选择是在本地还是使用Cresset Engine Broker远程资源开始计算
- pyflare新增配体3D构象生成的脚本以及增强的分子对接脚本，支持读取输入SMILES格式
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