Flare Docking

Flare Docking支持多种对接方式

Flare™ Docking使用 Lead Finder™ 为您提供新分子设计的详细反馈信息、高富集能力的虚拟筛选和出色的结合模式预测。用Flare Docking,你可以选择不同实验来源的配体快速、轻松地进行对接计算实验。

Flare Docking支持多种对接方式,包括在同一蛋白的多个构象上进行的系综对接(Ensemble)使得Flare Docking可以解决蛋白活性位点的柔性问题,还能够选择您喜欢的共价弹头轻松预测预测共价抑制剂的结合模式和相互作用。

使用Flare Docking可以:

  • 系综对接:一次计算实验将化合物对接到多个蛋白结合位点里。
  • 约束条件对接:设置对接约束条件以便使得结果偏好于满足包含指定的蛋白-配体相互作用,约束条件包括:氢键,蛋白金属,pi-堆积,pi-阳离子以及盐桥等。
  • 结合模式预测:通过柔性配体与静态蛋白结构的对接方式来预测非共价结合的蛋白-配体复合物的3D结构。
  • 共价对接:将共价配体对接到蛋白结合位点并与已知的特定残基成键。
  • 模板对接:用一个配体作为模板,引导具有公共子结构的配体进行对接计算,最终获得更好的对接结果。
  • 并行计算:通过Cresset Engine Broker利用局域网或公有云的计算资源并行对接几百个化合物。
  • 快速评估新设计分子与蛋白结合位点的匹配性。

将多个配体对接到一个蛋白

对接到一个蛋白结构里

右图展示了共晶配体的衍生物对接到显示有蛋白质静电表面的PDB 1OIT活性位点。

对接到单个蛋白

对接到一个蛋白结构里

创建一个对接计算,将多个共晶配体的衍生物对接到一个蛋白。右图显示了配体以及蛋白质活性位点的疏水表面。

系综对接:对接到多个蛋白

对接到多个蛋白结构

在一次计算实验中将化合物对接到多个蛋白结构里,并将结果合并在一起,右图展示了PDB 5HLW的静电势表面。

共价抑制剂的对接

共价对接

将靶向酪氨酸的共价抑制剂对接到结合位点,右图展示了PDB 4QDE的静电互补性(EC)表面。

案例分析

联系我们,获取试用: 免费!

试用下载:http://www.cresset-group.com/try-a-free-demo