Flare Docking

使用Flare docking,您可以:

  • 获得有关新设计的分子的细节、高富集率的虚拟筛选和出色的结合模式预测。
  • 在多个蛋白质构象上进行的系综对接可以解决蛋白活性位点的柔性问题。
  • 选择您喜欢的共价弹头,轻松预测共价抑制剂的结合模式与相互作用。

Flare的docking采用Lead Finder作为计算引擎实现出色的结合模式预测,获得新分子的相互作用细节:

  • 系综对接:一次计算实验将结构对接到多个蛋白结合位点里。
  • 约束条件对接:设置对接约束条件以便是的结果偏好于满足包含特定的蛋白-配体相互作用,约束条件包括:氢键,蛋白金属,pi-堆积,pi-阳离子以及盐桥等。
  • 结合模式预测:通过柔性配体与静态蛋白结构的对接方式来预测非共价结合的蛋白-配体复合物的3D结构。
  • 共价对接:将共价配体对接到蛋白结合位点并与已知的特定残基成键。
  • 模板对接:用一个配体作为模板,引导具有公共子结构的配体进行对接计算,最终获得更好的对接结果。
  • 云计算:通过Cresset Engine Broker利用局域网或公有云的计算资源并行对接成千上万的化合物。
  • 快速评估新设计分子与蛋白结合位点的匹配性。

对接到一个蛋白

创建一个对接计算,将多个衍生物对接到一个蛋白,图1展示了蛋白的疏水表面。

对接到一个蛋白结构里

系综对接:对接到多个蛋白

在一次计算实验中将化合物对接到多个蛋白结构里,并将结果合并在一起,下图展示了PDB 5HLW的静电势表面。

对接到多个蛋白结构

共价抑制剂的对接

将靶向酪氨酸的共价抑制剂对接到结合位点,下图展示了PDB 4QDE的静电互补性(EC)表面。

共价对接