Flare Python——任务自定义与自动化

FLARE提供Python接口,可以更高效地创建自己的工作流,常见任务自动化,用Python模块扩展Flare以及添加自定义控件。

常用任务自动化与自定义界面

Python API可以完全访问Flare的所有科学计算功能,包括 RDKit化学信息学工具包和GUI主界面中的关键元素。使用它可以实现自动执行常见任务、根据需要自定义界面,或者开发或整合令人兴奋的新科学。

Python API

用Python扩展Flare

Flare的Python扩展

Flare Python API使您能够自定义Flare专用菜单或新功能。唾手可得的扩展提供了额外的可选功能,使得Flare功能可无限拓展。无论是开发您自己的扩展程序还是使用我们的扩展程序,我们都会提供清晰的文档和示例并提供支持,以确保您拥有正确的信息来做出最佳决策。

  • 自定义Flare使之与您的环境相适应。
  • 调用内部服务器的REST进行性质预测并添加到Flare配体表单中,或创建新的上下文相关菜单条目以增强与内部信息存储的集成。

即用型配方:学习自动化Flare实验

即用型配方

通过Flare Python Cookbook可了解如何使用Flare Python API并开始自定义和自动化您的任务:

  • 删除和/或拆分蛋白、蛋白链以及生物分子
  • 大量蛋白结构的准备并从蛋白中提取配体
  • 导出蛋白和配体
  • 配体表单性的性质列的添加与修改
  • 将配体和构象组织成定制的角色
  • 对多个蛋白及其关联配体进行对接实验

常见任务的脚本

常见任务的自动化可以显着提高您的工作效率。简单的脚本使您能够执行更多操作:

  • 配体、蛋白、配体-蛋白复合物结构的自动滚动和可视化
  • 从动力学轨迹中获取快照并在系综对接实验之前对其进行能量最小化
  • 根据母体蛋白更改配体标题或搜索子集并仅对匹配的配体进行操作
  • 自动突变特定的配体官能团以创建新的类似物,例如发现口恶唑并将其突变为噻唑
  • 在3D视窗中查找并高亮显示特定残基或残基相互作用

在命令行中执行Flare计算实验

专用的Python二进制文件(pyflare)使您能够通过命令行Python脚本来访问每个Flare方法。无论您使用我们提供的脚本(从 QSAR 模型构建到对接),还是编写自己的脚本,pyFlare都能帮助您实现研究目标。

算例

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