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产品概述:

Forge 是一款强大的计算化学软件,它专为理解 SAR 与药物设计而开发。Forge让你能够掌控、洞察您的活性数据,从而能够自信地规划您的项目放方向。

Forge使用您分子的形状和静电特征来产生定性和定量的3D活性模型。Forge构建的模型极具视觉效果并易于与你的同事交流。

活性模型是采用Cresset已经获得专利授权的配体比较方法、从生物学的角度进行叠合、打分与比较分子。我们的这项技术已经在上百个虚拟筛选与化合物设计项目中尝试和测试过。现在,Forge将这些科学技术带到您的指尖,唾手可得。

forge_home_image-300x196.png 这是Forge的截图,演示了Forge如何帮您理解化合物与蛋白的相互作用。仅从一些已知活性配体的2D结构开始, Forge为每个化合物生成一系列构象。配体在生理条件下很可能就是采用这些构象来发挥作用。分析这些构象,可以找出具有高度分子场相似的那些构象集。具有相似形状和结合性质的那个构象可能就是生物活性构象。通过使用 Activity Miner 模块,您可以快速分析复杂的SAR,突出关键的引起活性变化的部分。

 

为什么要用Forge

  • 破译复杂的构效关系(SAR)并揭示结果
  • 集合构象生成,构象搜索,分子叠合以及活性悬崖分析于一体的3D-QSAR(比较分子力场分析)
  • 用信得过的预测来设计更好的分子
  • 构建精细的药效团
  • 在PC机上虚拟筛选10000个分子
  • 生成ADME与脱靶作用谱
  • 将场与活性数据关联起来
  • 理解化合物如何与蛋白靶相互作用
  • 用Activity Miner模块可以发现SAR里关键区域
  • 3D-QSPR分析:研究结构-性质关系,比如结构与阻垢性质的关系

产品特性

特性 TorchLite Torch3D Torch Forge GUI Forge CLI
分子可视化
载入配体-蛋白晶体结构观察有利的相互作用
读入多达10,000分子,并生成3D结构,展示2D与3D结构
读入基于配体或基于蛋白的虚拟筛选结果
手动修饰化合物结构,研究同系物的SAR,观察结构变化引起的分子形状与静电特征变化
支持3D立体视图
支持蛋白的飘带状展示
简单的按钮,聚焦到蛋白活性口袋
分子叠合
与蛋白-配体复合物晶体结构中的抑制剂比较,理解结构多样化合物的结合模式
在分子叠合或比较时,支持以蛋白结果作为排斥体积
比较或叠合时添加约束条件以确保指定的特征总得到匹配
通过选项控制每步计算的细节
使用多个参比分子生成模型,获知配体是如何与蛋白结合
交叉比较对个结构发现一致的叠合结果
在蛋白晶体结构缺乏的情况下,开发出结合模型
获得药效团模型,可作为其它活性化合物的叠合模板
用公共子结构或静电与形状特征进行分子比较与叠合
连接到Cresset计算引擎,用云和/或集群资源进行计算
虚拟筛选
500化合物的虚拟筛选
10,000化合物的虚拟筛选
100,000化合物的虚拟筛选
图形界面启动Blaze开始几百万化合物的虚拟筛选
浏览、检索 Blaze 计算结果
SAR 解释
Activity Miner 发现、检查基于3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
Activity Miner 发现、检查基于2D与3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
Activity Miner发现、检查基于2D指纹图谱的活性悬崖(activity cliffs)
Option
基于2D或3D相似性的分层聚类(heirachical clustering)
支持对多种目标活性建立3D-QSAR模型
用3D-QSAR模型对新化合物打分
交互式的生物或理化数据散点图
设计新化合物
直接在蛋白口袋里复制、编辑化合物
边画边打分,即时获得新设计化合物的特性
支持从常用画结构软件复制、黏贴化合物到本产品
自动生成能量合理的构象
实时展示化合物的八卦图
不只是优化活性,还可以用StarDrop模块预测脱靶效应 n/a
分子表单
支持物理性质的计算并展示在表单上,还支持从SDF或CSV文件导入数据
自动识别活性数据并取对数
自动从初筛与二次筛选活性数据(primary and secondary activities)计算选择性
合并CSV文件更新表单
排序
数值与文本过滤
添加、删除、隐藏、展示制定的列
支持雷达图(八卦图)排序将最佳性质的化合物排在顶部
通过内置编辑器创建或输出Javascript代码,对分子表单操作
用Javascript对分子或其它数据计算以添加新的列
Imported scripts only
载入项目时使用脚本(Create a profile of scripts to be used on project load)
工作流的整合
与KNIME整合
As a viewer
As a viewer
As a viewer
与Pipeline Pilot整合
As a viewer
As a viewer
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