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产品概述

Torch是一个强大的设计与3D构效关系(SAR)软件工作平台。合成/药物化学家使用Torch来设计下一个要合成的化合物或者去理解SAR。Torch让您能够:

  • 通过生物活性将分子关联起来,从而获得对活性更深的理解以及更好的分子设计;
  • 从相同或不同系列中比较分子,然后使用比较的结果来去掉虚构的设计或跳跃到新的结构系列。
torchV10_screenshot-e1350559592397 给定一个活性分子的3D结构和一系列2D化合物,Torch会比较分子的场,为您的化合物产生最好的3D叠合。使用Activity Miner模块,您能够快速浏览复杂的SAR,突出关键活性变化。

 

产品特性

 

特性 TorchLite Torch3D Torch Forge GUI Forge CLI
分子可视化
载入配体-蛋白晶体结构观察有利的相互作用
读入多达10,000分子,并生成3D结构,展示2D与3D结构
读入基于配体或基于蛋白的虚拟筛选结果
手动修饰化合物结构,研究同系物的SAR,观察结构变化引起的分子形状与静电特征变化
支持3D立体视图
支持蛋白的飘带状展示
简单的按钮,聚焦到蛋白活性口袋
分子叠合
与蛋白-配体复合物晶体结构中的抑制剂比较,理解结构多样化合物的结合模式
在分子叠合或比较时,支持以蛋白结果作为排斥体积
比较或叠合时添加约束条件以确保指定的特征总得到匹配
通过选项控制每步计算的细节
使用多个参比分子生成模型,获知配体是如何与蛋白结合
交叉比较对个结构发现一致的叠合结果
在蛋白晶体结构缺乏的情况下,开发出结合模型
获得药效团模型,可作为其它活性化合物的叠合模板
用公共子结构或静电与形状特征进行分子比较与叠合
连接到Cresset计算引擎,用云和/或集群资源进行计算
虚拟筛选
500化合物的虚拟筛选
10,000化合物的虚拟筛选
100,000化合物的虚拟筛选
图形界面启动Blaze开始几百万化合物的虚拟筛选
浏览、检索 Blaze 计算结果
SAR 解释
Activity Miner 发现、检查基于3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
Activity Miner 发现、检查基于2D与3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
Activity Miner发现、检查基于2D指纹图谱的活性悬崖(activity cliffs)
Option
基于2D或3D相似性的分层聚类(heirachical clustering)
支持对多种目标活性建立3D-QSAR模型
用3D-QSAR模型对新化合物打分
交互式的生物或理化数据散点图
设计新化合物
直接在蛋白口袋里复制、编辑化合物
边画边打分,即时获得新设计化合物的特性
支持从常用画结构软件复制、黏贴化合物到本产品
自动生成能量合理的构象
实时展示化合物的八卦图
不只是优化活性,还可以用StarDrop模块预测脱靶效应 n/a
分子表单
支持物理性质的计算并展示在表单上,还支持从SDF或CSV文件导入数据
自动识别活性数据并取对数
自动从初筛与二次筛选活性数据(primary and secondary activities)计算选择性
合并CSV文件更新表单
排序
数值与文本过滤
添加、删除、隐藏、展示制定的列
支持雷达图(八卦图)排序将最佳性质的化合物排在顶部
通过内置编辑器创建或输出Javascript代码,对分子表单操作
用Javascript对分子或其它数据计算以添加新的列
Imported scripts only
载入项目时使用脚本(Create a profile of scripts to be used on project load)
工作流的整合
与KNIME整合
As a viewer
As a viewer
As a viewer
与Pipeline Pilot整合
As a viewer
As a viewer
As a viewer

 

相关资源

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