Tag Archives: σ-hole

水分子的卤键替换策略

水分子的卤键替换

在基于结构的药物设计领域中,蛋白质电负性原子与配体卤素原子之间的卤键相互作用日益受到关注。本文的研究者分析了配体卤原子和蛋白主链羰基之间的特征性卤键相互作用的晶体结构的结合位点水性质,发现:1)参与卤键相互作用的卤原子在配体结合后经常替换计算出的结合位点的水;2)卤键相互作用的优势方向与这些被取代的水的取向很好地吻合;3)被卤素替换后形成与不形成卤键相互作用的水表现出不同的能量特性;4)替换计算的结合位点水有助于形成有利的卤键相互作用。这为如何在理性药物设计中利用卤键与蛋白主链羰基的相互作用提供了实用的方法。

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吡啶的静电场

Cresset的核心技术

Cresset核心技术为XED力场在设计新的小分子生物活性化合物中的应用。XED方法通过复杂的原子描述来模拟远离原子中心的电荷,从而改进了传统的分子力学。它能够详细地描述静电并重现分子间相互作用,正确地模拟了取代基对芳香族化合物的效应、电荷密度变化以及小分子、水和蛋白质之间的分子间相互作用。

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