结合位点数据库

一,结合位点数据库

分子对接、药效团识别等计算通常需要准备受体结构、共晶的配体结构以便进一步计算,通常情况下, 这个预处理包括:提取复合物结构的配体、加氢,对氢进行能量优化等操作。还有的软件,比如AutoDock Vina,与PLANTS等,还会用到活性位点的中心坐标。这个准备过程很繁琐,本数据库意图为大家准备现成的配体、受体结构以便拿来就用。

本数据库为大家提供了适用于分子对接使用的靶点蛋白与共晶配体的mol2文件,并给出结合位点中心坐标(AutoDock VINA格式,可以直接复制粘贴保存为配置文件直接给Vina使用)信息。本数据库的再一个目的是提供便利的靶点搜索方式:只要提供靶点名称,PDB代码,Uniprot名称等就可以方便获得结合位点与结构文件信息。

本数据库以scPDB为基础建立,全部信息与文件均来自scPDB。

二、能用来做什么

1,用蛋白名称、PDB代码、Uniprot名称或ID等搜索数据库;
2,下载现成直接适合于分子对接使用的蛋白与配体文件;
3,适用于Surflex-Dock,AutoDock VINA,GOLD, PLANTS,DS,Schrodinger,DOCK6等常见虚拟筛选软件;
4,了解靶点结合口袋的多样性。

三、使用方法

请用Firefox浏览器以便支持html5。

请在Query框里键入靶点名称(e.g. Protease)、PDB代码 (e.g. 1fm9) 或Uniprot名称等 (e.g.EGFR_HUMAN),选择一个PDB结构,然后点击search按钮: