如何编译AMBER12

一,前言

分子模拟专家通常喜欢将AMBER作为Gaussian(09,03)的接口进行小分子-生物大分子的MM/QM计算,比如ANU(The Australian National University)超级计算中心就提供了这样的一个MM/QM计算教程

AMBER计算通常涉及MPI并行计算,这样就需要编译一个MPI并行版本,现在与大家分享一下编译经验。

二、编译

1,安装编译器,假设是intel编译器

2,将AmberTools12与AMBER12解压到同一目录里,比如amber目录

这样会在amber目录里生成一个新的文件夹amber12

3,配置环境变量AMBERHOME, PATH

将AMBERHOME指向上述的amber12

export $AMBERHOME=~/amber/amber12

在PATH目录里添加$AMBERHOME/bin

export PATH=$PATH:${AMBERHOME}/bin

4,编译AMBER

cd  $AMBERHOME

./configure –help

注意到一行说明:

“-mpi Use MPI for parallelization; assumes mpicc and mpif90 are in your PATH; Note: you must first configure and build a serial AmberTools.”

这说明,要进行mpi并行编译,有两个前提要求(1)mpicc与mpif90需要在PATH里;与(2)先编译串行版的AmberTools,再编译mpi版amber

那么我们先编译串行版的程序

./configure intel

make install

顺利编译出串行版程序

接着开始编译并行版程序

./configure -mpi intel

make install

顺利编译成功

您会发现,在$AMBERHOME/bin里,有pmemd, pmemd.MPI, pmemd.amoeba, pmemd.amoeba.MPI。

可以进一步进行用make test进行程序测试。

如有任何问题,请联系我们