Spark

产品概述

Spark是一款骨架跃迁的软件,能为您的项目产生具有结构多样性的全新化合物。

它适于合成/药物化学科研人员以及计算化学科研人员使用。Spark利用Cresset的场技术寻找分子中关键部分的生物等排替换,让您在新的化学空间中寻找到新的结构。

还适合于突破专利使用,使用Spark计算化学软件可优化您的先导化合物,改善您的知识产权定位。

或者,您还可以用它来帮助您在保留活性并减少ADME与毒性问题的同时实现完全转变骨架。

为什么使用Spark

  • 克服化学骨架类型陷阱(Chemotype trap),在新的化学空间中为先导物找到具有极具创意的新点子
  • 可以使用过滤操作找到理化性质与生物活性俱佳的化合物
  • 通过选择替换片段的化学偏好来调整筛选结果
  • 肩并肩地进行结果检查或对相似化学骨架进行聚类分析
  • 搜索真实、公开发表或是尚未被探索过的化合物数据库
  • 用自己专有的试剂创建自己的数据库
SPARK Scaffold hopping

  • 搜索片段数据库
  • 从试剂里发现合适的R基团
  • 带来灵感、产生有创意的启发
  • 片段生长
  • 从专利包围中发现突破口
  • 快速评估化学空间
  • 保护自己的专利

 

 产品特性

特性
Spark GUI Spark CLI
从2D结构生成3D结构
从ChemDraw或其它应用复制起始分子结构
在KNIME或Pipeline Pilot里运行标准的工作流
可以控制新生成键时什么样的元素与杂化状态是允许的
添加约束以确保指定的相互作用得以保留
支持使用多个参比分子用于打分
一次搜索一个数据库,在各个运行的间隔检查结果,将新产生的结果添加到现有的项目里
在作业开始的时候可以指定需要搜索的多个数据库,在处理过程中这些数据库都可以被搜索到
浏览结果的2D图形
结果分子与初始分子的3D叠合
雷达图展示物理性质
骨架法进行(Mucrko scaffolds)化学结构类型聚类
用骨架或取代基模式进行聚类
确保新生成的分子满足公司内定的或项目指南的要求的理化性质标准(比如 logP, TPSA, MW 等)
提供标记功能,一发现感兴趣化合物就可立马标注,以便过后深入研究
可以将结果以sdf或mol2的分子格式导出
导出CSV给Excel、或Spotfire等使用
利用自己专有片段库自定义创建自己的数据库
可以将自己的数据库片段化操作,再自定义创建自己的数据库
可以控制数据库片段分子的大小与柔性
支持用现成的规则将试剂转化为数据库以便用于数据库搜索
支持自定义规则将试剂转化为片段制成数据库进行搜索

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