前言
随着结构生物学的发展，积累了越来越多的蛋白-配体服务晶体结构。利用这些结构进行反向分子对接计算（反向对接，Inverse docking）可以用来预测化合物的可能靶点。目前我们已经建立了包含大约8700个结合口袋的靶点数据库，对应于2765多个靶点蛋白。
服务内容
将一个化合物与2765多个蛋白靶点(8700多个复合物结构的口袋)进行对接计算。
计算结果与报告生成
报告包含了如下数据：
- 分子对接打分结果：结合亲合力、极性相互作用、分子表面相似性（形状与性质分布）、分子形状形状相似性（纯Gaussian表面形状）；
- 计算的pose与复合物结构里化合物的两者空间关系：是否占据同一个位置（分子形状相似性）
- 靶点的PDB代码，靶点名称,物种与UNIPROT编码
计算的用途
用途：靶点预测，化合物作用谱，激酶谱预测,off-target预测。
计算结果报告的阅读与样品下载
1，样品下载
http://www.molcalx.com.cn/wp-content/uploads/2014/11/dock_sample.xls
2，报告阅读
| PDB_Code | Affinity_Score | Crash_Score | Polar_Score | Surface_Similarity | Gaussian_Shape | Uniprot_ID | Uniprot_AC | Protein_Name |
| 3rik | 5.9348 | -1.6683 | 1.2941 | 0.566 | 0.861 | GLCM_HUMAN | P04062 | Glucosylceramidase |
| 4e51 | 5.5374 | -1.7123 | 1.2262 | 0.526 | 0.781 | SYH_BURTA | Q2SWE3 | Histidine–tRNA ligase |
| 2ycm | 5.5935 | -2.1147 | 1.1298 | 0.516 | 0.78 | ISPD_ARATH | P69834 | 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic |
| 1nw4 | 6.0265 | -0.4509 | 2.1922 | 0.508 | 0.764 | Q8I3X4_PLAF7 | Q8I3X4 | Purine nucleotide phosphorylase, putative |
| 3vmg | 5.8361 | -1.1509 | 0 | 0.604 | 0.762 | Q84II6_JANS3 | Q84II6 | Terminal oxygenase component of carbazole |
| 4f1y | 7.5337 | -0.1961 | 2.2008 | 0.571 | 0.747 | GRIA3_RAT | P19492 | Glutamate receptor 3 |
| 2x0v | 5.8319 | -0.9751 | 0 | 0.531 | 0.74 | P53_HUMAN | P04637 | Cellular tumor antigen p53 |
| 4asx | 6.2622 | -0.8577 | 1.9454 | 0.557 | 0.739 | AVR2A_HUMAN | P27037 | Activin receptor type-2A |
| 1o5o | 5.2072 | -0.8754 | 1.0353 | 0.531 | 0.735 | UPP_THEMA | Q9WZI0 | Uracil phosphoribosyltransferase |
| 2x7f | 6.2594 | -0.6329 | 0 | 0.474 | 0.726 | TNIK_HUMAN | Q9UKE5 | TRAF2 and NCK-interacting protein kinase |
| 3o6d | 5.8966 | -0.5317 | 1.5819 | 0.504 | 0.725 | PDXJ_CAMJE | Q9PN59 | Pyridoxine 5′-phosphate synthase |
| 2nnl | 6.9136 | -1.1925 | 2.2486 | 0.546 | 0.716 | P93799_VITVI | P93799 | Dihydroflavonol 4-reductase |
| 3mfr | 5.7764 | -0.4989 | 1.6857 | 0.477 | 0.713 | CSKP_HUMAN | O14936 | Peripheral plasma membrane protein CASK |
| 2xf3 | 4.7588 | -0.9861 | 0.029 | 0.518 | 0.712 | Q83Z62_STRCL | Q83Z62 | Orf12 |
PDB Code：对接所用的PDB结构代码，您可以将对接生成的坐标文件与对应的PDB结构放在一起观察相互作用模式，推荐采用pymol或Chimera等软件。
Affinity Score：预测的结合亲和力，单位为pKd，也就是打分结果，该值越大越好
Crash Score：对接的pose与靶点之间的bump，最大值为0，越大越好，特别小比如－5，意味着该结果不可信
Polar Score：为预测的pose与靶点间的氢键、盐桥或配位等相互作用
Surface Similarity：预测的Pose与复合物配体的表面相似性，最大值为1，最小值为0，越大说明与复合物配体分子表面越相似
Gaussian Shape: 为预测的pose与复合物配体的Gaussian分子形状相似性，最大值为1，最小值为0，越大说明与复合物配体分子的分子形状越相似
Uniprot ID： 靶点的UNIPROT ID号
Uniprot AC：靶点的UNPROT获取号
Protein Name：靶点的名称
费用
3000元／化合物*次，多个化合物根据情况议价。
注：包含了1个化合物与8700多个复合物结构（2765多个靶点）对接计算, 本计算不提供相互作用模式作图（可以自己根据对接结果作图）。