多靶点分子对接计算服务

前言

随着结构生物学的发展,积累了越来越多的蛋白-配体服务晶体结构。利用这些结构进行多靶点分子对接计算(反向对接,Inverse docking)可以用来预测化合物的可能靶点。

广州墨灵格是与深圳超级计算中心合作,租用超算中心丰富的计算资源,采用分子对接计算引擎,计算化合物与各结合口袋间的相互作用能,预测化合物可能的作用靶点。

目前我们已经建立了包含大约9000个结合口袋的靶点数据库,对应于2900多个靶点蛋白。

服务内容

一个化合物与2900多个蛋白靶点(9000多个复合物结构的口袋)进行对接计算。

计算工具

国家超级计算深圳中心的计算资源

计算结果与报告生成

报告包含了如下数据:
1)分子对接打分结果:结合亲合力、极性相互作用、分子表面相似性(形状与性质分布)、分子形状形状相似性(纯Gaussian表面形状);
2)计算的pose与复合物结构里化合物的两者空间关系:是否占据同一个位置(分子形状相似性)
3)靶点的PDB代码,靶点名称,物种与UNIPROT编码

注意本报告不包含靶点的坐标文件,如果需要,可以根据PDB代码从PDB数据库下载。

计算的用途

用途:靶点预测,化合物作用谱,激酶谱预测,off-target预测

计算结果报告的阅读与样品下载

1,样品下载

http://www.molcalx.com.cn/wp-content/uploads/2014/11/dock_sample.xls

2,报告阅读

PDB_Code Affinity_Score Crash_Score Polar_Score Surface_Similarity Gaussian_Shape Uniprot_ID Uniprot_AC Protein_Name
3rik 5.9348 -1.6683 1.2941 0.566 0.861 GLCM_HUMAN P04062 Glucosylceramidase
4e51 5.5374 -1.7123 1.2262 0.526 0.781 SYH_BURTA Q2SWE3 Histidine–tRNA ligase
2ycm 5.5935 -2.1147 1.1298 0.516 0.78 ISPD_ARATH P69834 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
1nw4 6.0265 -0.4509 2.1922 0.508 0.764 Q8I3X4_PLAF7 Q8I3X4 Purine nucleotide phosphorylase, putative
3vmg 5.8361 -1.1509 0 0.604 0.762 Q84II6_JANS3 Q84II6 Terminal oxygenase component of carbazole
4f1y 7.5337 -0.1961 2.2008 0.571 0.747 GRIA3_RAT P19492 Glutamate receptor 3
2x0v 5.8319 -0.9751 0 0.531 0.74 P53_HUMAN P04637 Cellular tumor antigen p53
4asx 6.2622 -0.8577 1.9454 0.557 0.739 AVR2A_HUMAN P27037 Activin receptor type-2A
1o5o 5.2072 -0.8754 1.0353 0.531 0.735 UPP_THEMA Q9WZI0 Uracil phosphoribosyltransferase
2x7f 6.2594 -0.6329 0 0.474 0.726 TNIK_HUMAN Q9UKE5 TRAF2 and NCK-interacting protein kinase
3o6d 5.8966 -0.5317 1.5819 0.504 0.725 PDXJ_CAMJE Q9PN59 Pyridoxine 5′-phosphate synthase
2nnl 6.9136 -1.1925 2.2486 0.546 0.716 P93799_VITVI P93799 Dihydroflavonol 4-reductase
3mfr 5.7764 -0.4989 1.6857 0.477 0.713 CSKP_HUMAN O14936 Peripheral plasma membrane protein CASK
2xf3 4.7588 -0.9861 0.029 0.518 0.712 Q83Z62_STRCL Q83Z62 Orf12

PDB Code:对接所用的PDB结构代码,您可以将对接生成的坐标文件与对应的PDB结构放在一起观察相互作用模式,推荐采用pymol或Chimera等软件。

Affinity Score:预测的结合亲和力,单位为pKd,也就是打分结果,该值越大越好

Crash Score:对接的pose与靶点之间的bump,最大值为0,越大越好,特别小比如-5,意味着该结果不可信

Polar Score:为预测的pose与靶点间的氢键、盐桥或配位等相互作用

Surface Similarity:预测的Pose与复合物配体的表面相似性,最大值为1,最小值为0,越大说明与复合物配体分子表面越相似

Gaussian Shape:  为预测的pose与复合物配体的Gaussian分子形状相似性,最大值为1,最小值为0,越大说明与复合物配体分子的分子形状越相似

Uniprot ID: 靶点的UNIPROT ID号

Uniprot AC:靶点的UNPROT获取号

Protein Name:靶点的名称

费用

150元/化合物*次,在线购买100元每次(http://www.weibo.com/molcalx)

如果您有两个化合物要做计算,你只需要购买2次的商品就可以了。

注:包含了1个化合物与9000多个复合物结构(2900多个靶点)对接计算, 本计算不提供相互作用模式作图(可以自己根据对接结果作图)。

售后保障与增值服务

电话服务:020-38261356 (9:00-17:00)

电子邮件:info@molcalx.com

1)提供打分最高的50个计算结果文件(你可以自己根据打分结果挑50个);

2)提供结果分析培训教程(图文),根据工作量收取一定费用;

3)疾病归属:将靶点与疾病关联,标注靶点与疾病的关系以及文献支持(另行收取费用)

购买

请联系我们

姓名 (必填)

邮箱 (必填)

电话(必填)

单位(必填)

地址 (必填)

主题

你的留言