尊敬的老师,同学:

生物汽油领域改造酶提高对纤维素的降解效率、环保领域研究酶对塑料分子的降解机理、药物研究领域探讨共价药物的设计以及生物合成领域研究合成的机理等等领域都需要一个强大的模拟工具以正确理解酶与底物的反应机理。为满足各个领域对酶-底物反应机理研究的迫切需求,我们特举办主题为《MM/QM模拟酶与底物的反应》的培训班。

一般认为组蛋白氨基端的乙酰化、磷酸化和甲基化参与了染色质结构和功能的调节,只有一个例外,即SET家族的组蛋白特异性赖氨酸残基甲基化酶(组蛋白甲基转移酶)。Xiao Bing等人1在2003年解释了组蛋白肽、辅酶、人SET7/9的三元复合物的高分辨率晶体结构,揭示了酶、肽底物和辅酶的结合模式。发现赖氨酸通过将其侧链插入穿过酶的窄通道,连接两个表面与酶的活性部位的辅酶SAM直接接触。XIao Bing等人的研究阐明了组蛋白靶向酶的特异性分子基础,并提出了甲基化反应的模型以解释SET家族许多保守残基的在甲基化中的作用。

在本次培训班,我们以Xiao Bing等人揭示的甲基化转移酶3D结构为基础, 用MM/QM技术在HF/3-21g:AMBER理论水平计算模拟甲基从SAM转移到赖氨酸氨基的过程,通过练习可以掌握:(1)分子动力学模拟;(2)MM/QM计算与拉伸动力学模拟;(3)伞形采样和反应自由能计算。我们已经准备好了全部的计算文件与结果,您在课程期间可以重现我们的计算流程。

图1是本次课程计算获得的过渡态,在课程期间,我们将重现这个计算过程并获得过渡态。

过渡态

图1. 甲基化反应过渡态

视频是根据计算结果生成的甲基转移过程动画。从动画上看,很明显,甲基化转移是个典型的SN2反应历程。在本课程中,将会学习如何进行该计算模拟。

图2. 甲基化反应历程

在本课程中,为了确保可以在3天完成全部的计算,MM/QM计算时结合位点采用HF/2-31g计算方法,而其它部分采用AMBER力场模拟,即在HF/2-31g:AMBER理论水平计算。计算的PMF图如下图2所示。我们计算的反应自由能垒为22kcal/mol (300K), 而文献报道实验值为20.9kcal/mol (310K),我们的计算值与实验值非常接近。

PMF

图2. 甲基化反应自由能

祝各位老师、同学科研顺利!

广州市墨灵格信息科技有限公司

2018年5月29日

一、时间、地点

时间:2018年10月(具体时间待定)
地点:广东省广州市天河区龙口东路34号龙口科技大厦3楼会议室

二、课程内容

时间 课程内容
第一天 Linux基础,理论介绍,(待更新)
第二天 (待更新)
第三天 (待更新)

三、报名与费用

1.报名方式

在线填写报名表

2、费用

用户类型 费用
工业/政府 10000.00
教师 10000.00
学生/博士后 10000.00

早鸟票优惠:7月15日前报名并缴费优惠1000元。

  1. 价格含税,开具发票
  2. 费用包含培训资料、上机费用、午餐、茶歇
  3. 住宿费及交通费自理。
  4. 请自带电脑,并初步学习一些Linux的知识

3. 汇款

通过银行汇款
户 名:广州市墨灵格信息科技有限公司
账 号:36020 15809 10000 6586
开户行:工商银行广州暨南大学支行
汇款用途:姓名+ MMQM培训班,比如:白展堂-MMQM培训班
汇款用途非常重要,可以帮助我们快速确认汇款人

4. 发票

请向贵单位的财务处索要发票信息:单位抬头、地址、电话、税号;收到汇款后,我们会按照发票信息开具发票并邮寄到收件地址。

5、关于取消参会并退款

在8月1日前提出不参加并要求退款,给予全额退款。确认参会又实际未能出席,不予退款。

确认参会又实际未能出席,不予退款。

四、联系我们

您的姓名 (必填)

您的注册类型 (必填:学生/博士后/教师/工业用户/政府用户)

单位名称 (必填)

院系或部门名称 (必填)

单位地址 (必填:省-市-行政区-街道-门牌号)

邮政编码 (必填)

您的邮箱 (必填)

您的电话 (必填)

发票抬头 (必填)

发票收件地址 (必填)

主题 (可选,请提供个性化信息)

您的留言 (请注明您的其它需求,比如请帮我订房)