3D-QSAR

引言

比较分子力场分析(CoMFA)是常用的3D-QSAR研究方法,通常将训练集化合物叠合后计算静电场与立体场两个分子形状场做为描述符进行建模,因而准确地叠合化合物、计算分子形状场是非常重要的,3D-QSAR建模的成败主要取决于准确的构象分析、分子叠合与静电势的计算。

Forge为大家提供了集构象分析、分子叠合与3D-QSAR建模于一体的工作流方案

典型的CoMFA 3D-QSAR建模流程非常繁琐,包含下面几个子任务:化合物的构象分析、分子叠合、描述符计算以及统计学建模,最后得到3D-QSAR模型。用户需要用到好几个软件分步完成不同的子任务,需要耗费很长的时间才能建立一个3D-QSAR模型。 全新的3D-QSAR建模软件Forge不同于传统的软件,它提供了完整、一步到位的3D-QSAR工作流:上述几个步骤一键完成,可以快速、无痛苦地建立模型。

Forge以Cresset精准的Xed力场为基础,实现精确构象分析、静电计算、基于形状与静电特征相似性的3D分子叠合,同时还用其计算的立体场与静电场进行3D-QSAR分析。只要为Forge提供参比分子、训练集与测试集,跟着Forge的workflow,你就可以一步一步地顺着向导轻松地完成3D-QSAR分析。

Forge进行3D-QSAR分析的流程: 来自CCR5拮抗剂的案例

3D-QSAR案例

 

下载高清PDF文档,放大着看:http://www.molcalx.com.cn/wp-content/uploads/2014/10/FieldAlign_QSAR_CA4.pdf

Forge–3D-QSAR视频教程

原文见:http://blog.molcalx.com.cn/2016/03/31/3d-qsar-tutorial

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