Activity Miner

Activity Minor

Activity Miner概述

Activity Miner让你能够快速的了解复杂的构效关系,突出关键的活性变化。重要的是,Activity Miner给你一个清晰的活性变化理论依据,并在后续的药物设计循环中为您提供如何利用这个知识的灵感。Activity Miner将“Disparity”或“activity Cliff”概念用到SAR中的突出部分,在这里你可以观察到最重要的变化。一对分子的差异(disparity)用其活性差值除以它们之间的空间距离的值来表示。传统上,一对分子间的空间距离用圆形指纹图等2D相似性来。在Activity Miner中您不仅使用这个2D标准,而且您还能从Cresset的新科学中获益,比如使用3D形状加静电相似度来定义一对的距离。这个新技术让我们能够发现SAR中使用其他方法会遗漏的重要变化。最重要的是,它给出隐含在活性变化之后的原因,这对于设计新的和更好的化合物来说是至关重要的信息。

为什么选择Activity Miner

使用Activity Miner模块您将可以:

  • 快速浏览构效关系中,哪怕在一个庞大的数据库中
  • 寻找关键的活性区域和探索单一化合物周围的空间
  • 理解引起活性变化的形状和静电变化
  • 看看新化合物是如何与整个项目历史联系起来,寻找那些使用其他方法可能会遗漏的关系
  • 发展您将用于设计新化合物的对SAR的关键见解

多种SAR视图方式

Activity Miner专注于解释活性变化背后的原因。它提供了数据的多个视图,以帮助您在SAR中找到关键的分子对。对于每一对分子,Activity Miner向您展示了静电和形状属性是如何不同的,从而帮助您了解如何设计具有更好属性的更好化合物。不同的视图使您能够专注于SAR的不同方面。

观察全部数据

活性悬崖-矩阵视图
活性悬崖矩阵是一种可排序的分子对表单,展示了一个分子与所有其它分子之间的比较结果:

  • 颜色越浓则悬崖越大,很容易发现活性的增强与降低
  • 选择一个单元格可以在3D视窗中展示一对分子,可以用形状与静电探索一对分子兼职的相似性与差异
  • 将矩阵扩展到多种活性可以突出关键的选择性信息
  • 对矩阵进行过滤、排序以发现最相似的分子对

探索一个化合物周围的构效关系

活性悬崖视图2
创新的活性视图结合了近邻分析和活性悬崖数据,将局部SAR用活性变化来着色。

  • 选择一个感兴趣的化合物与其邻近化合物进行比较,观察活性、选择性、相似性与差异性
  • 视图突出显示了结构差异,使您更容易看到已经做了哪些更改
  • 选择任意一个邻居在3D窗口中更详细地检查静电和形状差异
  • 双击一个邻居使其变为新的中心分子并与其最近的邻居进行比较

发现最显著的变化

活性悬崖Top视图

Top pairs表突出显示了SAR中的关键点。它显示了相对于结构变化表现出最大活性变化的分子对,使你能够理解对项目影响最大的变化。通过该表可以:

  • 发现重要的分子对及其结构变化
  • 观察每一对分子间关键活性与理化性质变化
  • 收藏分子对以便进一步分析
  • 在3D视窗中分析静电与形状的变化
  • 根据性质的值对表排序

将相似的化合物聚合在一起

活性悬崖聚类
通过基于3D或2D相似性的聚类分析,使您更容易看到化合物如何相互关联。

  • 洞察数据集的化学多样性
  • 观察不同簇的活性变化可以找出同系物与离群分子
  • 根据聚类的成员对分子加标签(tag)或导出分子
  • 在Forge中展示任意的类以便进一步分析
  • 支持选择任意化合物以展示活性以及2D或3D结构

特色

特色 Activity Miner GUI Activity Miner CLI
可在Forge中使用
寻找3D活性悬崖
寻找2D活性悬崖
产生全部分子的完整活性悬崖矩阵
产生全部分子的完整相似矩阵
根据形状、静电或两者改变3D相似度度量标准
4个可选的2D相似度度量标准计算、寻找活性悬崖
在所有生物活性测量中应用误差值以保证有意义的结果
自动以对数单位载入活性或者从线性测量转化为对数
整合到工作流和方案中以便其他用户使用或对结果执行复杂的统计
使用活性视窗来浏览SAR,显示任何分子的最邻近区域的活性和悬崖信息
聚焦于最邻近的区域浏览SAR
以列表形式查看您的分子中最重要的变化以及诸如配体效率之类的相关性质变化
标记任何一对分子并收藏以便导出或后期检验
根据选择的2D或3D(仅在Forge)的相似度度量对您的数据集进行聚类
在Forge主界面中选择和显示类簇中所有分子
以热图形式显示活性悬崖矩阵,实现全部缩放和选择功能
在3D叠合中显示任何一对分子及其静电和形状性质
查看任何一对分子的静电场的变化以理解观察到的活性变化的根本原因

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