Activity Minor

一,概述

Activity Miner让你能够快速的了解复杂的构效关系,突出关键的活性变化。重要的是,Activity Miner给你一个清晰的活性变化理论依据,并在后续的药物设计循环中为您提供如何利用这个知识的灵感。

Activity Miner将“Disparity”或“activity Cliff”概念用到SAR中的突出部分,在这里你可以观察到最重要的变化。一对分子的差异(disparity)用其活性差值除以它们之间的空间距离的值来表示。传统上,一对分子间的空间距离用圆形指纹图等2D相似性来。

在Activity Miner中您不仅使用这个2D标准,而且您还能从Cresset的新科学中获益,比如使用3D形状加静电相似度来定义一对的距离。这个新技术让我们能够发现SAR中使用其他方法会遗漏的重要变化。最重要的是,它给出隐含在活性变化之后的原因,这对于设计新的和更好的化合物来说是至关重要的信息。

为什么选择Activity Miner

使用Activity Miner模块您将可以:

  • 快速浏览构效关系中,哪怕在一个庞大的数据库中
  • 寻找关键的活性区域和探索单一化合物周围的空间
  • 理解引起活性变化的形状和静电变化
  • 看看新化合物是如何与整个项目历史联系起来,寻找那些使用其他方法可能会遗漏的关系
  • 发展您将用于设计新化合物的对SAR的关键见解

特色

特色 Activity Miner GUI Activity Miner CLI
可在Torch中使用 可选
可在Forge中使用
寻找3D活性悬崖
寻找2D活性悬崖
产生全部分子的完整的差异矩阵
产生全部分子的完整相似矩阵
改变3D相似度度量标准,操作形状、静电或两者
从4个可选的2D相似度度量标准中选择,寻找活性悬崖
在所有生物活性测量中应用误差值以保证有意义的结果
自动以对数单位载入活性或者从线性测量转化为对数
整合到工作流和方案中以便其他用户使用或对结果执行复杂的统计
使用活性视窗来浏览SAR,显示任何分子的最邻近区域的活性和差异信息
浏览您的SAR,集中在连续化合物的最近邻化区域
以列表形式查看您的分子中最重要的变化以及相关性质变化,如ligand efficiency
标记任何一对分子为偏好项以便导出或后期检验
根据您选择的2D或3D(仅在Forge)的相似度度量对您的数据库进行聚类
在Forge主界面中选择和显示簇中所有分子
以热图形式显示差异矩阵,实现全部缩放和选择功能
在3D叠合中显示任何一对分子及其静电和形状性质
查看任何一对分子的静电场的变化来理解观察到的活性变化的根本原因