可信赖的水位置与热力学分析

理解和利用水稳定性分析是基于结构设计的关键技术。Flare™使用GIST和3D-RISM方法预测结合位点水的位置与稳定性, 提供了对结合口袋的见解,您可以在抑制剂的设计加以利用。

Flare™提供的GIST和3D-RISM方法可以增加您对结果的信心,并突出显示水稳定性低的区域,无论是使用apo还是配体结合的结构,都可以利用这些区域在配体设计中获得额外的结合亲和力与靶标选择性。

使用Flare的GIST与3D-RISM,您可以:

  • 理解蛋白结构中水的能量学特点
  • 计算配体周围水的优选位置
  • 设计新的配体并理解配体与水的相互作用
  • 在计算中将稳定的水考虑进来,完美地进行蛋白静电分析

GIST分析

GIST

GIST使用GPU来加速OpenMM分子动力学模拟引擎来分析水的稳定性。它可用于分析Apo蛋白与Holo蛋白生成热图突出显示水稳定性高、低的区域。

3D-RISM分析

3D-RISM

Flare中的3D-RISM分析利用XED力场或AMBER GAFF力场的高级分子间描述符,为您提供值得信赖的水分析。 3D-RISM可以给出整个蛋白质的结果,或者在活性位点内进行分析,无论是否存在配体。

案例分析

参考文献与致谢

  1. S. Ramsey, C. Nguyen, R. Salomon-Ferrer, R. C. Walker, M. K. Gilson, T. Kurtzman, Solvation thermodynamic mapping of molecular surfaces in AmberTools: GIST, J Comput. Chem. 2016, 37(21):2029-37
  2. R. Skyner, J.L McDonagh, C.R. Groom, T. van Mourik, J. B. O. Mitchell, C. R. Groom, T. Van Mourik, A Review of Methods for the Calculation of Solution Free Energies and the Modelling of Systems in Solution, Phys. Chem. Chem. Phys. 2015, 17 (9), 6174

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