可信赖的水位置与热力学分析

使用GIST和3D-RISM的水分子位置与热力学性质分析方法,Flare可为帮您在抑制剂设计中洞悉结合口袋、并将见解用于设计策略。理解和利用水稳定性分析是基于结构设计的关键技术。Flare提供的GIST和3D-RISM 方法可以增加您对结果的信心,并突出显示水稳定性低的区域,无论是使用apo还是配体结合的结构,都可以利用这些区域在配体设计中获得额外的结合亲和力与靶标选择性。

使用Flare的GIST与3D-RISM,您可以:

  • 理解蛋白结构中水的能量学特点
  • 计算配体周围水的优选位置
  • 设计新的配体并理解配体与水的相互作用
  • 在计算中将稳定的水考虑进来,完美地进行蛋白静电分析

GIST分析

GIST

GIST使用GPU来加速OpenMM分子动力学模拟引擎来分析水的稳定性。它可用于分析Apo蛋白与Holo蛋白生成热图突出显示水稳定性高、低的区域。

3D-RISM分析

3D-RISM

活性位点附近水分子的位置与能量学对于理解配体的结合是至关重要的。哪个水分子是紧密结合地、哪个水分子在能量上是不利的知识为结构-活性关系提供的重要信息,并可以帮您决定配体的原子应该如何摆放。Cresset的3D-RISM采用XED力场进行分析、为您提供可靠的水分子分析结果。用3D-RISM您可以: