AutoDock教程 (ChemBio3D版)

一、背景介绍

Tyrosine-protein kinase ABL1是白血病的一个重要靶点,比如格列卫就是作用于这个靶点。本教程以格列卫(STI)衍生物与靶点复合物晶体结构出发,演示如何用ChemBio3D为AutoDock界面进行分子对接计算。

二、准备工作

1,安装ChemBio3D Ultra 14或ChemBioOffice Ultra 14
为商业软件需要购买或安装试用版:http://www.molcalx.com.cn/chembio3d-ultra-14

2,安装AutoDockTools
点击Calculations>>AutoDock Interface>>Install AutoDock/AutoDockTools,按照提示安装。

3,安装AutoDock4.2
点击Calculations>>AutoDock Interface>>Install AutoDock/AutoDockTools,按照提示安装。

4,下载受体与配体文件,记录AutoDock Grid map中心坐标

1)登陆结合位点数据库:http://www.molcalx.com.cn/targetdb

2)在query检索框输入”1fpu”,选1fpu那行,点击search

3)下载现成的mol2配体文件以及受体pdbqt文件

4)解压,获得ligand.mol2(配体文件),protein.pdbqt(受体文件)共两个文件

5)在AutoDock Search space区给出结合位点中心坐标,可以作为对接的Grid map中心坐标

center_x = 13.0974

center_y = 96.9759

center_z = 57.9442

三、操作步骤

1,打开AutoDock Interface

点击Calculations>>AutoDock Interface>>Setup AutoDock Calculation
Set up ChemBio3D AutoDock

图1,打开AutoDock Interface

2,准备受体

点击AutoDock Interface>>Prepare receptor,按图2操作。
第(5)步,读入之前准备好的受体文件,protein.pdbqt。
ChemBio3D AutoDock 准备受体

图2,准备受体,载入预先准备好的受体文件,最后点Run按钮

3,准备配体

点击AutoDock Interface>>Prepare Ligand
第(9)步,读入之前准备好的配体文件,ligand.mol2。
ChemBio3D AutoDock 准备配体

图3,准备配体,载入预先准备好的配体文件,ligand.mol2, 最后点Run按钮

4,准备GPF

返回AutoDock Interface>>Prepare GPF
输入GRID Map中心坐标(来自准备工作,从结合位点数据库获的AutoDock search space处获取信息):
X:13.7
Y:97
Z:58
ChemBio3D AutoDock GPF

图4,准备GPF,填入结合位点数据库给的结合位点中心坐标,点Run按钮, 成功后会有个盒子出现。

5,准备DPF

点击AutoDock Interface>>Prepare GPF
采用预设值,点“Run”按钮。
ChemBio3D AutoDock 准备DPF

图5,准备DPF,采用预设值,点Run按钮。

6,Docking计算

点击AutoDock Interface>>Docking
ChemBio3D_AutoDock_08

图6,docking,采用预设值,点Run AutoDock按钮。