目前大多数计算研究还局限在理解现有的实验现象上，将计算化学作为一个手段，在研究初期提供定量的指导还并不多见，为了探究这种可能性，我们介绍了一篇2019年Blanchard课题组发表在JACS上的工作，我们将采用一种问题导向的策略逐步趋向目标的实现，并阐明如何利用理论计算实现一个反应的设计：嘧啶与炔烃的环加成反应。
由Jame B. Foresman & Eleen Frisch 合著，徐雪飞翻译的《探索化学的奥秘：电子结构方法》第三版是一本Gaussian软件入门指南，旨在介绍如何应用电子结构方法模拟化合物和反应，适合于没有经验的实验研究化学家、物理化学专业的高年级本科生与初级研究生、Gaussian软件用户使用。
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FLARE V3正式发布，新特性包括可靠、充分验证的自由能微扰(FEP)计算；多种分子对接(Docking)方式，包括共价对接、模板对接，提升性能的Lead Finder分子对接；整合了Forge的基于配体的叠合，可以进行构象搜索、基于场、形状与子结构叠合；还提供了分子动力学模拟以及100多个新功能与改进。
本文介绍了氢键（H-Bond）、卤键（X-Bond）、分子间相互作用能以及基组重叠误差（BSSE）等相关概念。并以HF与NH3形成的氢键和IF与NH3形成的卤键为例，详细演示了如何利用Gaussian程序中的CP校正方法修正基组重叠误差（BSSE），以获得更精确的分子间相互作用能。
大量致力于JAK激酶抑制剂的发现工作最终将几种化合物推进到临床开发并有两个被FDA批准。尽管在过去20年中付出了巨大的努力，但是高选择性的JAK3抑制剂一直未能找到。辉瑞公司的研究人员经过巨大的努力发现了首个口服活性的JAK3特异性抑制剂，其通过与JAK3特有的残基CYS-909共价相互作用实现JAK同工酶选择性抑制。JAK3酶共价抑制剂设计的难点在于其具有相对快速的再合成速率，因此要求该酶的共价抑制剂不仅具有合适的药动学性质(pharmacodynamics properties)而且还要将不希望的脱靶反应性限制到最小范围。本研究的努力最终发现了化合物11(PF-06651600)，不仅具有体内活性而且清除率较低。鉴于化合物11的有利药效和安全性，该化合物进入临床研究评价阶段。
本文预告了Flare V3的部分新功能与性能改进。自由能微扰(FEP)计算相对结合自由能是该版本的最大亮点，已经用多种数据完成了内部验证。与Schrodinger的FEP+相比性能相当，而优于AMBER/TI；此外，模板对接(Template Docking)改善了同系物分子对接的性能。
本文以DDR1抑制剂Ponatinib为起始化合物，用SPARK对其进行了基团替换计算实验。结果表明，SPARK在不到10分钟的时间内完成了计算，不仅获得了Alex等人采用深度学习生成化合物1的甲基哌嗪衍生物，而且该类化合物被SPARK打分后排序靠前(排名第一)。这说明SPARK比起深度学习在使用上可以更加简单、直接地获得目标化合物。
