Category Archives: drug design

Field QSAR

QSAR Models

本文总结了Forge的QSAR建模的方法:定量与定性的方法。其中定量的方法包括:Field QSAR,机器学习方法;定性方法包括:Activity Atlas与Activity Miner。Field QSAR、Activity Atlas与Activity Miner可以建立解释性模型,用于指导分子设计;而机器学习方法仅是预测模型、不能指导分子设计。此外,机器学习模型不仅可以用来建立回归预测模型,还可以采用分级数据建立分类预测模型。

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药效团识别流程

FieldTemplater

FieldTemplater药效团识别的假设是:两个分子以相似的结合模式(相互作用方式)结合到蛋白的同一个结合位点,因此化合物应该有高度相似的场点模式。FieldTemplater因此遍历一组配体的构象空间、并识别其公共场模式。多个结构多样化合物的场模式很可能就解释了这些化合物与靶标的结合模式。

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Lead Finder workflow

Lead Finder

Lead Finder是一款全新的分子对接软件,其设计的目的是用来满足计算化学家和药物化学家在药物发现过程中的需求,可以用于(1)虚拟筛选哪发现全新的先导化合物;(2)对活性化合物的高富集能力设计集中库;(3)预测活性化合物的3D结构;(4)快速地评估新设计的分子是否与结合位点匹配。

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吡啶的静电场

Cresset的核心技术

Cresset核心技术为XED力场在设计新的小分子生物活性化合物中的应用。XED方法通过复杂的原子描述来模拟远离原子中心的电荷,从而改进了传统的分子力学。它能够详细地描述静电并重现分子间相互作用,正确地模拟了取代基对芳香族化合物的效应、电荷密度变化以及小分子、水和蛋白质之间的分子间相互作用。

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AutoT&T

AutoT&T 2.0-高效的药物分子从头设计软件

AutoT&T(Automatic Tailoring and Transplanting)是一款具有我国自主知识产权的药物分子设计软件,可以实现先导化合物的自动构建和结构优化等一系列功能。在基于靶标结构的药物分子设计中,该软件可以作为产生配体分子三维结构的强大工具,突破人脑思维和已有知识的限制,提供全新的设计灵感。该软件采用了结构拼接构建配体分子的全新思路,突破了传统从头设计方法(De Novo Design)需要使用预制片段库(fragment library)的做法,执行效率是传统从头设计方法的10倍以上,且能产生结构多样性更好、成药性更强的分子设计方案。该软件还可以实现多线程先导化合物优化、共价结合配体分子的设计等特殊功能。另外,用户可以根据选定的靶标蛋白,灵活选择个性化的参考分子库,进一步提高分子设计方案的合理性。

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FLARE 基于结构的设计软件

FLARE

Flare V2是Flare的最新版本,一款开创性的基于结构的药物设计软件。Flare V2包含了:1)蛋白结构准备;2)蛋白静电相互作用势分析;3)静电互补性打分;4)WaterSwap结合自由能计算;4)3D-RISM水分子的位置值与稳定性计算;5)分子对接;6)Pyhton API任务自动化与自定义工作流。

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OpenEye Feature

OpenEye–药物发现与设计平台

OpenEye软件是一个药物发现与设计平台,为大规模的药物设计与分子模拟应用而开发。它不仅具有严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化, 尤其擅长于化学信息学、构象生成、分子对接、形状比较,静电计算与比较,x-衍射晶体学,分子可视化以及数据分析。OpenEye软件支持多CPU/多核心计算,支持Linux,Windows与Mac OS X。OpenEye软件授权灵活,主要目的是最大的释放您的计算能力,指定用户的site license让您可以在任意的机器、不限数量机器上计算您的作业。

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Activity Miner

Activity Miner

Activity Miner让你能够快速的了解复杂的构效关系,突出关键的活性变化。重要的是,Activity Miner给你一个清晰的活性变化理论依据,并在后续的药物设计循环中为您提供如何利用这个知识的灵感。Activity Miner将“Disparity”或“activity Cliff”概念用到SAR中的突出部分,在这里你可以观察到最重要的变化。一对分子的差异(disparity)用其活性差值除以它们之间的空间距离的值来表示。传统上,一对分子间的空间距离用圆形指纹图等2D相似性来。在Activity Miner中您不仅使用这个2D标准,而且您还能从Cresset的新科学中获益,比如使用3D形状加静电相似度来定义一对的距离。这个新技术让我们能够发现SAR中使用其他方法会遗漏的重要变化。最重要的是,它给出隐含在活性变化之后的原因,这对于设计新的和更好的化合物来说是至关重要的信息。

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