SiteHopper——快速的蛋白结合位点比较工具
通过比较蛋白家族内和跨蛋白质家族间的结合位点，可以提取到靶标蛋白的功能与选择性等相关细节，从而为开发新配体提供有用的见解。 典型的方法主要聚焦于蛋白序列分析，在序列相似性低的情况下会导致不确定的预测。SiteHopper为传统药物发现目的的序列比对方法提供了一种强大的替代方法。
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OpenEye案例 | 和记黄埔与强生发现、优化强效、高选择性PI3Kgamma/delta双重抑制剂
喹唑啉酮是选择性PI3K-gamma与delta抑制剂的公共片段，在本研究中作者开发了一种电子密度模型，用片段替换软件BROOD成功地识别出喹唑啉酮的新型替代物吡咯并三嗪酮。在分子对接的指导下，使用新的环状连接臂将该新型特异性片段与抑制剂的铰链结合区连接。进一步针对铰链区进行了SAR优化发现了候选化合物26，它是一种高效、选择性的PI3Kγ/PI3Kδ双重抑制剂，在临床前物种中具有有利的DMPK特性。
OpenEye案例 | FreeForm改善MM/PBSA的结合自由能预测
在本研究中，作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。作者首先使用40个已知的EcR配体进行了验证研究，结果表明：当引入配体的构象自由能项时，MM/PBSA令人满意地预测了结合活性。 随后，将该MM/PBSA方法应用于基于结构的虚拟筛选。从380万化合物的数据库中挑出12个化合物，其中5个化合物在基于细胞的竞争性结合测试中具有活性。
OpenEye先导化合物优化
本文总结了OpenEye软件包中适合于先导化合物优化的软件模块，包括：POSIT，subROCS，EON，BROOD与GAMEPLAN。POSIT为先导化合物优化提供起始的高精度结合模式；subROCS可以在缺乏蛋白信息的情况下生成结合模式的假设；BROOD通过基团替换进行先导化合物优化；GAMEPLAN通过水分子的位置与稳定性计算提供先导化合物优化的方案。
OpenEye–药物发现与设计平台
OpenEye软件是一个药物发现与设计平台，为大规模的药物设计与分子模拟应用而开发。它不仅具有严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化, 尤其擅长于化学信息学、构象生成、分子对接、形状比较，静电计算与比较，x-衍射晶体学，分子可视化以及数据分析。OpenEye软件支持多CPU/多核心计算，支持Linux，Windows与Mac OS X。OpenEye软件授权灵活，主要目的是最大的释放您的计算能力，指定用户的site license让您可以在任意的机器、不限数量机器上计算您的作业。