Category Archives: blog

Duvelisib与PI3Kγ的相互作用

OpenEye案例 | 和记黄埔与强生发现、优化强效、高选择性PI3Kgamma/delta双重抑制剂

喹唑啉酮是选择性PI3K-gamma与delta抑制剂的公共片段,在本研究中作者开发了一种电子密度模型,用片段替换软件BROOD成功地识别出喹唑啉酮的新型替代物吡咯并三嗪酮。在分子对接的指导下,使用新的环状连接臂将该新型特异性片段与抑制剂的铰链结合区连接。进一步针对铰链区进行了SAR优化发现了候选化合物26,它是一种高效、选择性的PI3Kγ/PI3Kδ双重抑制剂,在临床前物种中具有有利的DMPK特性。

Read More

苯丙氨酸类

PickR用于氨基酸侧链的设计

PickR最早由诺华与Cresset合作开发挑选DNA编码库(DEL)的构建块(Building Block,BB)而设计的。PickR将Novartis的方法规范化为一个新的计算工具。用于选择结构多样的试剂并合并到化合物库中。与其他方法不同,PickR使用分子的静电和形状性质来生成描述符矩阵作为结构多样性选择的基础。在过去几年中,PickR方法广泛地应用于多种类型的化合物库设计,并赢得了良好声誉。本文提供了一个用PickR设计多样氨基酸侧链库的算例以展示PickR的性能。

Read More

化合物3、4叠合到4Z3V

比较BTK抑制剂的配体与蛋白静电势

Flare是Cresset的基于结构药物设计软件,在本文中它内置的蛋白相互作用势分析方法用于计算BTK激酶活性位点里精细的静电特征。相互作用势图用于比较几个精选的BTK配体以详尽地了解配体结合的构效关系(SAR)。FLARE里的3D-RISM分析也用来研究了BTK活性位点里结晶水分子的分布稳定性。

Read More