VINA教程 (ChemBio3D版)

一、背景介绍

Tyrosine-protein kinase ABL1是白血病的一个重要靶点,比如格列卫就是作用于这个靶点。本教程以格列卫(STI)类似物与靶点复合物晶体结构出发,演示如何用VINA进行分子对接计算。
VINA(AutoDock Vina)是AutoDock的新版本,具有完全不一样的代码,但是计算精度与计算速度有了非常显著地的提高,同时使用上也更加简单,不需要显式地计算格点文件。

二、准备工作

1,安装ChemBio3D Ultra或ChemBioOffice Ultra
非免费软件需要购买或安装试用版:http://www.molcalx.com.cn/chembio3d-ultra-14
ChemBio3D Ultra或ChemBioOffice Ultra 用来:
1)建立小分子的2D结构;
2)生成3D结构;
3)优化结构;
4)将文件保存为SYBYL mol2格式。

假设最后优化后的文件时foo.mol2。

2,安装OpenBanel
从http://www.openbabel.org 或http://sf.net上下载最新版的OpenBabel。
Openbabel用来负责将ChemBio3D优化好的小分子结构转化为pdbqt格式文件。

将foo.mol2转化为foo.pdbqt,保存到C:\vina目录里。

3,安装AutoDock VINA
从http://vina.scripps.edu上下载vina,安装在C:\vina\里。假设您的vina的文件名为vina.exe

4,下载受体文件并保存对接配置参数文件

1)登陆结合位点数据库:http://www.molcalx.com.cn/targetdb

2)在query检索框输入”1fpu”,选1fpu那行,点击search

3)下载现成的受体pdbqt文件

4)解压,获得受体文件:protein.pdbqt。

5)在AutoDock Search space区给出结合位点中心坐标

-----从这里开始--------

center_x = 13.0974
center_y = 96.9759
center_z = 57.9442
size_x = 15
size_y = 15
size_z = 15

-----到这里结束--------
复制,保存为config.txt

将config.txt也放在C:\vina目录里。

三、对接计算

1)在开始菜单,切换到命令行
在命令行里键入:cmd
2)切换到对接计算目录
cd C:\vina
3) 开始对接计算,键入下面命令:
vina --config config.txt --receptor protein.pdbqt --ligand foo.pdbqt --out foo_docked.pdbqt --log foo_docked.log
其中,foo_docked.pdbqt就是对接的结果文件,可以进一步用ChemBio3D观察结果。也可以用其它的视图软件查看结果。

四、总结

1)用ChemBio3D或ChemBioOffice生成初始的3D结构;
2)用OpenBabel将格式转化为AutoDock的PDBQT格式;
3)从结合位点数据库上获得Vina对接参数;
4)用Vina进行对接计算。

五、视屏