分子对接的模型

一、分子对接的模型与分子识别

为了理解分子识别的过程,生物学家们发展了不同模型,尽管非常简单,但是在实践中非常有用。本文介绍了几种主要模型以及它们之间的关系。分子对接方法的设计直接应用了这些模型,并在分子对接计算中起指导作用。

Year Model Author
1890 Lock-and-Key Emil Fisher
1958 Induced-Fit Daniel Koshland
2003 Conformation Ensemble Buyong Ma et.al.

“All model are wrong, some are useful.”–George Box

二、锁-钥模型(Lock-and-Key)

分子对接的模型:锁-钥模型

三、诱导契合模型(Induced-Fit)

分子对接的模型:诱导契合

四、构象系综模型(Conformation Ensemble)

分子对接的模型:构象系综

五、从“锁-钥”到“构象系综”模型

其实,锁-钥、诱导契合与构象系综模型是不冲突的。它们各自抓住了分子识别某些关键特征。锁-钥模型引入了3D互补的概念,诱导契合解释了3D互补是如何产生的,而构象系综概念则描绘了蛋白构象的复杂性。
分子对接的模型:从锁-钥到构象系综

六、关于内容

上述图片来自《Molecular Conceptor》第3章1.4节。