LigandScout教程(一):从蛋白-配体复合物结构建立药效团模型

一、操作步骤

  1. 用四字母代码下载PDB文件,比如1KE6;
  2. 找对正确的配体;
  3. 聚焦于活性位点,并切换到活性位点视图;
  4. 检查并修正配体的化学结构;
  5. 点击建立基于结构的药效团模型

LS Tutorial, Structure-Based Pharmacophore

二、实例描述

1. 在屏幕右上角键入’1KE6′, 点击按钮’Download 1ke6′
蛋白结构会被下载下来并展示出来。

2. 点击黄色盒子
会自动居中放大显示该配体。

3. 鉴于PDB结构可能有误,需要仔细检查:比如原子类型、键的类型等
你可以对原子或键进行编辑,纠正,直到完全正确无误

4.  一旦配体的化学结构正确,按‘Ctrl-F9’组合键生成药效团模型 (在Mac OS X里是Cmd-F9)。
你也可以点击‘Create Pharmacophore’按钮来创建药效团模型。最后你可以保存这个模型给MOE,Catalyst,Phase,FRED等使用。

LS Model

 

三、更多信息

1,LigandScout介绍
http://www.molcalx.com.cn/ligandscout

2,LigandScout应用案例
http://www.molcalx.com.cn/category/ligandscout_case_study

四、联系我们,获取试用

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