化合物3、4叠合到4Z3V

比较BTK抑制剂的配体与蛋白静电势

Flare是Cresset的基于结构药物设计软件,在本文中它内置的蛋白相互作用势分析方法用于计算BTK激酶活性位点里精细的静电特征。相互作用势图用于比较几个精选的BTK配体以详尽地了解配体结合的构效关系(SAR)。FLARE里的3D-RISM分析也用来研究了BTK活性位点里结晶水分子的分布稳定性。

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OpenEye Feature

OpenEye–药物发现与设计平台

OpenEye软件是一个药物发现与设计平台,为大规模的药物设计与分子模拟应用而开发。它不仅具有严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化, 尤其擅长于化学信息学、构象生成、分子对接、形状比较,静电计算与比较,x-衍射晶体学,分子可视化以及数据分析。OpenEye软件支持多CPU/多核心计算,支持Linux,Windows与Mac OS X。OpenEye软件授权灵活,主要目的是最大的释放您的计算能力,指定用户的site license让您可以在任意的机器、不限数量机器上计算您的作业。

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Activity Miner

Activity Miner

Activity Miner让你能够快速的了解复杂的构效关系,突出关键的活性变化。重要的是,Activity Miner给你一个清晰的活性变化理论依据,并在后续的药物设计循环中为您提供如何利用这个知识的灵感。Activity Miner将“Disparity”或“activity Cliff”概念用到SAR中的突出部分,在这里你可以观察到最重要的变化。一对分子的差异(disparity)用其活性差值除以它们之间的空间距离的值来表示。传统上,一对分子间的空间距离用圆形指纹图等2D相似性来。在Activity Miner中您不仅使用这个2D标准,而且您还能从Cresset的新科学中获益,比如使用3D形状加静电相似度来定义一对的距离。这个新技术让我们能够发现SAR中使用其他方法会遗漏的重要变化。最重要的是,它给出隐含在活性变化之后的原因,这对于设计新的和更好的化合物来说是至关重要的信息。

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